Правительство Москвы правомочно решать все вопросы государственного управления, отнесённые к ведению исполнительной власти города Москвы - субъекта Российской Федерации, кроме тех, которые входят согласно федеральному законодательству и законодательству города Москвы, в компетенцию федеральных органов исполнительной власти и Мэра Москвы Лужкова.
В структуру органов исполнительной власти города Москвы, подведомственных Правительству Москвы, входят отраслевые, функциональные и территориальные органы исполнительной власти города, которые осуществляют исполнительно-распорядительные функции в определённых отраслях и сферах деятельности города.